O Instituto Alfa e Ômega é a unidade de pesquisa e estudo da AFAO, para produção de pensamento e material interno e externo de nossa associação.

É importante salientar que esse instituto busca e estuda livremente todos os temas relevantes a compreensão da história e da existência humana. No entanto nossa pesquisa e produção está orientada sob a seguinte compreensão: 

Primeiro, tendo o estudo da filosofia como catálogo de pensamentos do homem motivados pela busca da verdade. E que todos esses esforços devem ser observados e estudados com profundidade.
Segundo, que a revelação divina da verdade vem perfeita por meio da revelação de Cristo. E a revelação de Cristo como presença agente do próprio Deus no mundo.

É importante salientar que um filósofo pode criar os mais belos argumentos para validar a sua filosofia, mas não pode produzir um milagre para comprová-la, multiplicando pães ou fazendo cessar uma tempestade. Aristóteles dizia que a verdade só existe no juízo, isto é, num pensamento, mas, quando Jesus Cristo diz que Ele próprio é a Verdade, essa verdade não está presente no pensamento e sim na realidade do mundo. Quando o cristianismo se confronta com as filosofias, ele lhes faz, por assim dizer, concorrência desleal, tal a desproporção de substância ontológica entre o ser e o pensar.